Olá
Confesso que achei estranho a resposta da SEFAZ! Ou melhor, do fiscal que respondeu! Porque mesmo um material que não é configurável pode ter diferentes aplicações e por este motivo ter uma NCM numa venda que será diferente em outra! Não só a NCM mas a aliquota pode mudar e bastante!
Eu sugiro você fazer uma consulta a SEFAZ onde você atua demonstrando exemplos e o que muda de uma configuração para outra. Talvez no caso do Marcio fez sentido a recomendação de haver um código para material para cada configuração.
Abraço
Eduardo Chagas