Olá , se você já possui o processo de multi-filial ativado conforme você informou, para acrescentar mais uma filial vá em
Administração-->Configuração-->Finanças-->Filiais a partir dai, só preencher as informaçoes referente a filial.
Lembrando que deve-se criar um deposito padrão para esta filial nova, assim como atribuir esta filial para os usuários que irão acessa-las. Indo em Administração-->Configuração--> Geral-->Usuarios
Escolha o usuario, e clique em Atribuição de Filial para atribuir esta nova filial.
Abraços
Vinicius